«مؤسسه اشراق و عرفان» که فعالیت خود را از سال 1386 با نظارت و اشراف علمی استاد اعرافی آغاز کرده است، در عین تأکید بر اصالت­های حوزوی، سعی در پاسخگویی به نیازهای معرفتی انسان معاصر دارد؛ از این رو مأموریت خود را «پژوهش در زمینه فقه­ های نو و فلسفه­ های مضاف بر مبنای روش اجتهادی در راستای نظام ­سازی اسلامی»، «پرورش پژوهشگران صاحب­ نظر در عرصه­ های فوق» و «حرکت در راستای اسلامی­ سازی علوم انسانی» برگزیده است و امید می­ رود که نقشی موثر در این مجال ایفا کند.